На протяжении нескольких лет владыка входит в состав комиссии Межсоборного Присутствия Русской Православной Церкви по церковному управлению, пастырству и организации церковной жизни.
Ему было поручено подготовить проект документа Межсоборного Присутствия «Современные проблемы пастырской преемственности. Воспитание и подготовка на приходах абитуриентов для духовных образовательных учреждений». Разработанный документ епископ Пахомий представил 29 ноября на очередном заседании комиссии.
Проект документа посвящен актуальной теме и завершается словами: «Архимандрит Иоанн (Крестьянкин) – мудрый душепопечитель – пишет: “Наш пастырский крест – это длящаяся в мире Жизнь Христова, да будет для нас воплощением Духа Истины. Возлюбим же сами страдания многотрудной и многоболезненной жизни с ее целительными скорбями и научим этому спасительному подвигу чад Божиих”. Обучение это должно длиться всю жизнь, важно, чтобы любовь к этому духовному совершенствованию во Христе жила в сердцах не только пасомых, но и самих пастырей».